Среди обитателей заказника «Алтачейский» обычны изюбрь, косуля, кабан, кабарга, волк, лисица, заяц-беляк, соболь. Здесь охраняются и такие редкие животные как даурский ёж, заяц-толай, тушканчик-прыгун, длиннохвостный хомячок, корсак, выдра, манул, сурок-тарбаган, солонгой. На этой территории обитает более ста видов птиц, в том числе рябчики, куропатки, глухари (обыкновенный и каменный), тетерева, черный аист, беркут, дрофа.